但仔细斟酌，“直通车”也有弊端。一是削弱了职能部门的作用，凡事通过“直通车”由领导甚至是一把手发话才能解决，职能部门处于尴尬状态，长期下去，有损职能部门的威信；二是养了一批懒人。“直通车”呼啸而行，沿途“站台”不停靠，这些“站台”的主事们无所事事，天长日久，全都变成懒汉；三是牵扯了领导精力，根据领导科学的“能级原理”，领导干部大部分精力是管超前决策、宏观调控，“直通车”把领导缠绕在棘手的矛盾中难以脱身，岂不是捡了芝麻丢了西瓜？
看来，与其设“直通车”，不如发挥职能部门的作用，用严格界定的职责、赏罚分明的奖惩，规范职能部门的行为，改进工作作风，提高办事效率。若有群众“乘直通车”鸣冤诉苦，首先应追查职能部门的工作有无到位，有无推诿现象，进而严肃处理有关责任人，那么就不会有群众再去“挤”“直通车”了。
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